Во општината владее континентална клима, со просечна годишна температура од 12 до 15^оC. Доминантните ветришта се од север и северозапад, со средно годишна брзина од 2 м/с. Просечна годишна количина на врнежи е 477 мм. Снежната покривка се задржува просечно по 12 дена во годината. Просечното годишно траење на сончевиот сјај изнесува 2 148 часови. Маглата не е честа појава и просечно ја има по 13 дена во годината.

Хидрографија

Општина Велес ги опфаќа подрачјата на поголемите водотеци Бабуна, Тополка и Отавица, кои заеднички припаѓаат на сливот на реката Вардар. Геолошкиот состав, слабиот вегетациски покривен слој и неправилното користење на земјиштето предизвикале голем дел од општината да биде зафатен со ерозивни процеси. Вкупната годишна продукција на ерозивен нанос изнесува 688 000 м³. Ерозивните процеси предизвикуваат голема загуба на плодно земјиште, осиромашување на подлогата и појава на оголени, суви и ненаселени предели.

•Река Бабуна
Реката Бабуна е прогласена за карактеристичен пејсаж од Советот на Општина Велес, но се соочува со узурпација на државно земјиште на нејзиното крајбрежје и диво изградени викенд куќи кои ја нарушуваат животната средина што претставува голем проблем во општината.
Локалитетот “Пешти” кој се наоѓа на реката Бабуна е живеалиште на белоглавиот орел кој е ендемичен вид и го нема на ниедно друго место на планетата, но се соочува со закана од целосно истребување. Друг ендемичен вид во регионот на општина Велес е и црниот штрк.

•Езеро „Младост“
Локалитетот се наоѓа покрај вештачката акумулација езеро “Младост”, северно од градот Велес, на земјиште кое е во сопственост на Република Македонија. Сообраќајниот пристап е преку асфалтиран локален пат од правец на Велес кој оди по брегот на езерото, минува низ браната и продолжува до автопатот Скопје-Велес. Во рамките на локалитетот постои асфалтиран пат кој го поврзува локалниот пат со комплексот на мотели.
Локалитетот е поврзан со локалната 10kw мрежа, до него постои телефонска мрежа. Во хидрографски поглед локалитетот се наоѓа покрај акумулацијата “Младост” на реката Отавица. Урбаното планирање на езерото опфаќа: сателитска населба за домување, комерцијални содржини, угостителство и зона за спорт и рекреација.