Во општината владее континентална клима, со просечна годишна температура од 12 до 15^оC. Доминантните ветришта се од север и северозапад, со средно годишна брзина од 2 м/с. Просечна годишна количина на врнежи е 477 мм. Снежната покривка се задржува просечно по 12 дена во годината. Просечното годишно траење на сончевиот сјај изнесува 2 148 часови. Маглата не е честа појава и просечно ја има по 13 дена во годината.

Хидрографија

Општина Велес ги опфаќа подрачјата на поголемите водотеци Бабуна, Тополка и Отавица, кои заеднички припаѓаат на сливот на реката Вардар. Геолошкиот состав, слабиот вегетациски покривен слој и неправилното користење на земјиштето предизвикале голем дел од општината да биде зафатен со ерозивни процеси. Вкупната годишна продукција на ерозивен нанос изнесува 688 000 м³. Ерозивните процеси предизвикуваат голема загуба на плодно земјиште, осиромашување на подлогата и појава на оголени, суви и ненаселени предели.

•Река Бабуна
Реката Бабуна е прогласена за карактеристичен пејсаж од Советот на Општина Велес, но се соочува со узурпација на државно земјиште на нејзиното крајбрежје и диво изградени викенд куќи кои ја нарушуваат животната средина што претставува голем проблем во општината.
Локалитетот “Пешти” кој се наоѓа на реката Бабуна е живеалиште на белоглавиот орел кој е ендемичен вид и го нема на ниедно друго место на планетата, но се соочува со закана од целосно истребување. Друг ендемичен вид во регионот на општина Велес е и црниот штрк.

•Езеро „Младост“
Локалитетот се наоѓа покрај вештачката акумулација езеро “Младост”, северно од градот Велес, на земјиште кое е во сопственост на Република Македонија. Сообраќајниот пристап е преку асфалтиран локален пат од правец на Велес кој оди по брегот на езерото, минува низ браната и продолжува до автопатот Скопје-Велес. Во рамките на локалитетот постои асфалтиран пат кој го поврзува локалниот пат со комплексот на мотели.
Локалитетот е поврзан со локалната 10kw мрежа, до него постои телефонска мрежа. Во хидрографски поглед локалитетот се наоѓа покрај акумулацијата “Младост” на реката Отавица. Урбаното планирање на езерото опфаќа: сателитска населба за домување, комерцијални содржини, угостителство и зона за спорт и рекреација.



Шуми

Република Македонија е земја богата со шуми. Шумите се национални природни ресурси. Локалната самоуправа нема надлежности во управувањето и стопанисувањето со шумите.
Во Општина Велес со шумите стопанисува шумското стопанство “Бабуна”. Велешката општина (според старата територијална организација) има 55000 хектари уредена шумска површина. Во однос на сечата, се постапува по Законот за шуми. Шумското стопанство има обврска за годишно пошумување во согласност со исечениот етат. Овие пошумувања се на територија од каде е извадена (исечена) дрвната маса, а тоа не е непосредната околина на Велес.
Уредувањето на шумите е законска обврска на шумското претпријатие и се состои во уредување на шумските површини и шумскиот фонд, квалитетна дрвна маса по вид, процент на дрвна маса по површина и потреби, одгледување на шумите, нивно проредување.
Општината Велес располага со 40% дабова шума, 50% букова шума, 10% пошуменост со црн бор. Овие шуми служат за спречување на ерозијата, за смена на микроклиматските влијанија (во летниот период ја намалуваат температурата за 5^оC, а во зимскиот ја зголемуваат за 5^оC). Со тоа успешно ја извршуваат својата функција.
Општината, според категоризацијата, е средно пошумена. Најголема пошуменост има по течението на реките Бабуна и Тополка.

Во рамките на Локалната Самоуправа формирано е Координативно тело за пошумување кое активно работи во областите - пошумување и озеленување на територијата на општината и нејзината непосредна близина.
Реализирани пошумувања:

• 2002 есенско садење на локација “Автопат” - извршено пошумување на 30 хектари претходно опожарени шумски култури
• 2003 пролетно садење на локација “Дурутовец - депонија”- 20 хектари
• 2004 пролетно садење на локација “Св. Илија” - 150 хектари
• 2004 есенско садење на локација “Вршник” - 50 хектари
• 2005 пролетно садење на локација “Гроот” - 15 хектари

Сите овие површини се засадени со високо квалитетен сертифициран посадочен материјал. Пошумувањето се спроведува единствено преку донирање од институции кои активно работат на територијата на Велес: ЈП „Македонски шуми“, ЈКП „Дервен“ и Локалната Самоуправа.


Минерални ресурси

Општина Велес нема позначајни појави на металични минерални суровини. Состојбата со неметаличните минерални суровини е многу поповолна.
Меѓу минералните суровини доминира талкот со утврдени резерви во локалитет Извор-Никодин, поголеми од 3 милиони тони. Во експлоатација е лежиштето кај село Извор со годишен капацитет до 12 000 тони.
Приближно исти резерви имаат лежиштата на туларски глини во регионот Горна Брца и Чашка, како и покривни шкрилци во локалитетот Крнино.
Варовниците се експлоатираат во локалитетот Превалец, каде се утврдени резерви од 2 милиони м³. Кварцот е истражен во локалитетот Орешје, по долините на реките Бабуна и Тополка, како и во локалитетот Чичево. Вкупните резерви се оценети на околу 60 милиони тони.
Од украсните камења актуелни се мермерите од околината на Нежилово, а појава на јаглен е утврден во терциерниот басен на Чашка.

Земјоделско земјиште

Вкупната земјоделска површина изнесува 1071км² или 69% од вкупната површина на општината во поранешен состав. Како земјоделско земјиште се третираат 370 км² или 34,5% од вкупна земјоделска површина. Земјоделските површини од еколошки аспект имаат поволна структура поради големото учество на ливади и пасишта.
Во последните години обработливото земјоделско земјиште е намалено, што претставува негативен тренд од аспект на обезбедување поповолен економски и социјален статус на локалното население.
Главни носители на земјоделското и сточарското производство се индивидуални земјоделски стопанства. Најголемиот агрокомбинат “Лозар” е во стечај.