Во периодот на раната антика, територијата на Велес влегувала во составот на Пајонската држава, која се претпоставува ја сочинувале голем број градски населби.

Хелинистичкиот слој јужно од градот кај локалитетот Кале при влезот во Велешката клисура покрива плато од 3,5 ха површина оградена со бедем, на кое бил лоциран најголемиот Пајонски град Вила Зора (Била Зора). Вила Зора имала положба на самиот влез на Дарданија во Македонија (Пајонија) така што Филип V освојувајќи ја во 217 година пред н.е., ја обезбедил својата држава од упадот на Дарданците. Вила Зора како значаен воен центар се до последните години на Македонското владеење, се спомнува последен пат во 168 година пред н.е.

Континуитетот на името Вила Зора и Велес тешко може да се одреди, зошто Велес се спомнува дури во 1018 година. Се претпоставува дека во оваа временска празнина моќта на Вила Зора во римското владеење опаднала или пак нејзината локација треба да се бара на друго место.
Во пошироката околина на Велес има повеќе траги кои укажуваат на античкиот град Аргос поврзан со територијата на Macedonija sekunda.


Античкиот град Стоби бил пајонски, хеленистичко-македонски римски град.
Првиот литерарен спомен за Стоби потекнува од 197 год. п.н.е., кога на тоа место македонскиот крал Филип V ја поразил дарданската војска. Во изворите каде што римскиот историчар Ливиус го споменува овој податок, Стоби носи епитет на “стар град”, што секако не е случајно.

Урбаниот дел на Стоби се наоѓа опкружен со бедеми на вливот на Еригон во Ахиос денес познати под името Црна река и Вардар. Градот зафаќал мошне важна трговска и воена позиција. Променливите борби на македонците со северните соседи се судбоносни за Стоби. Стоби со околината дефинитивно паднал под македонска власт 217 год. п.н.е. за време на Филип V.

Кога 168 год. п.н.е. римјаните го поразиле македонскиот крал Персеј кај Пидна, македонското кралство е сохрането. Македонија била поделена на четири независни административни области под римски протекторат, а Стоби станува центар на трговијата со сол на третата област. Во 148 год. п.н.е. Македонија станува римска провинција. Судејќи според спорадичните наоди, Стоби во пред римско време бил мало градче со површина од 2,5 ха. Дури од времето на преминот од старата во новата ера во градот настануваат значајни промени. Новиот град бил испланиран и зачнат наеднаш, на подготвен терен што бил осум пати поголем од дотогашната населба и населен веројатно со голем број на нови жители. Привлечени од римјаните и нивната стопанска и политичка моќ, во Стоби се населувале истовремено и жители од околината и населеници од хеленистичкиот свет.

Интензивното проширување на градот може да се поврзе со подигањето на неговиот статус во ранг на муниципиум што Стоби го имал уште 69 год. н.е. Прераснувањето на Стоби во град со самоуправен статус го посведочуваат епигравските споменици и ковањето на локалните монети со натпис “Муниципиум Стобенсиум” кои го опфаќаат времето од Веспазијан 69 год. до Елагабал 222 год. н.е.


За економската и културната кулминација што Стоби ја доживеал во раноцарскиот и средноцарскиот период ни сведочат монументалните и раскошни градби кои во овој период биле подигнати, театарот, Градската порта, објектот Каза Романа, објектот под внатрешниот бедем и други градби чии делови се откопани или пак лежат сеуште под земјата.

Уште во раноцарскиот период, водоводот, бањите (јавни и приватни), градските чешми, влегуваат во конфорот на граѓаните на Стоби.

Значајната еврејска заедница во овој период подига Синагога, а од религиозните пагански светилишта за чии култови дознавме преку многуте скулптури и релјефи, досега е откриен само храмот на Немеза во Театарот.

Силната градежна дејност што започнала за време на тетрархијата, му го дале монументалниот изглед на градот. На овој доцноримски град од ИВ и В век му припаѓаат повеќето откриени градби. Градот добил нова планска основа со улици меѓу кои се формирале инсули со неправилна форма. Од објектите за живеење тука би припаѓале т.н. куќи на Партениус, на Полихармос, Перистериј, Теодосијанската палата, Епископската резиденција, куќата на ткајачот и др.

Христијанството по своја прилика рано дошло во Стоби, но сигурни докази имаме од времето на верскиот мир по 313 год. Градот бил епископско седиште, ако не порано, тогаш барем од 325 год. кога стобскиот епископ Будиус учествувале во Никеја на првиот црковен собор. За подоцнежните епископи, сведочења наоѓаме во документите на тогашните црковни собори и на натписите во Епископската базилика.


Во текот на I и V век изградени се барем три базилики во самиот град, Синагогата била претворена во христијански храм после посетата на Теодосие I на Стоби во 388 год. Теодосие I во Стоби издал два едикти со кои се означува христијанската религија како единствена религија во царството.

Базиликите во градот претставуваат катедрални цркви од кои две имаат крстилници. Во околината на Стоби откриени се уште три базилики од кои едната исто така има крстилница.

Палатите и базиликите во Стоби биле раскошно украсувани со фрески, мозаици и штукатура, што ни ја доловува благосостојбата во која живееле жителите на градот. Тоа е период на највисок процут и значење на Стоби, кој во Ввек станал главен град на новоформираната поровинција Macedonia Secunda.

Крајот на V век бил катастрофален за овој град. Покрај економското и еколошкото исцрпување на овој град, археолошките траги наведуваат дека Стоби не било прескокнат од постошењето на Хуните, негде во средината на V век.

Второто големо пустошење Стоби го доживува од Остроготите 479 год. На почетокот на VI век, Стоби страда од земјотрес и никогаш повеќе не е обновен како градска населба.

Стоби за последен пат во изворите се спомнува со победата на Василие I во 1014 год. над воената посада во Стоби.

Значаен предримски пункт во околината на Велес е пронајден во с.Згрополци - локалитет Градиште, со голем број фрагменти од садови од керамика и бронзени монети. Во с.Мамутчево на локалитетот Теќе, во селото Отовица - кај езерото Младост пронајдени се пари од предримска цивилизација. Услов за присуство на траги од цивилизација од најстаро време е реката Вардар која во античко време го носи името Аксиј.

Се претпоставува дека името и го дале Критско - микенските метало-трагачи кои патувале низ внатрешноста на Балканскиот полуостров, а значењето на зборот Аксиј е шилец, 'рт. По течението на реката минувала главна сообраќајница со крајпатни тврдини.

Во периодот на доцната антика забележана е интензивна градежна активност во високите места - планини и ридови. Тоа биле обично карпести и утврдувања со мал број население, граничарници, набљудувачници и сл.