Во текот на I и V век изградени се барем три базилики во самиот град, Синагогата била претворена во христијански храм после посетата на Теодосие I на Стоби во 388 год. Теодосие I во Стоби издал два едикти со кои се означува христијанската религија како единствена религија во царството.

Базиликите во градот претставуваат катедрални цркви од кои две имаат крстилници. Во околината на Стоби откриени се уште три базилики од кои едната исто така има крстилница.

Палатите и базиликите во Стоби биле раскошно украсувани со фрески, мозаици и штукатура, што ни ја доловува благосостојбата во која живееле жителите на градот. Тоа е период на највисок процут и значење на Стоби, кој во Ввек станал главен град на новоформираната поровинција Macedonia Secunda.

Крајот на V век бил катастрофален за овој град. Покрај економското и еколошкото исцрпување на овој град, археолошките траги наведуваат дека Стоби не било прескокнат од постошењето на Хуните, негде во средината на V век.

Второто големо пустошење Стоби го доживува од Остроготите 479 год. На почетокот на VI век, Стоби страда од земјотрес и никогаш повеќе не е обновен како градска населба.

Стоби за последен пат во изворите се спомнува со победата на Василие I во 1014 год. над воената посада во Стоби.

Значаен предримски пункт во околината на Велес е пронајден во с.Згрополци - локалитет Градиште, со голем број фрагменти од садови од керамика и бронзени монети. Во с.Мамутчево на локалитетот Теќе, во селото Отовица - кај езерото Младост пронајдени се пари од предримска цивилизација. Услов за присуство на траги од цивилизација од најстаро време е реката Вардар која во античко време го носи името Аксиј.

Се претпоставува дека името и го дале Критско - микенските метало-трагачи кои патувале низ внатрешноста на Балканскиот полуостров, а значењето на зборот Аксиј е шилец, 'рт. По течението на реката минувала главна сообраќајница со крајпатни тврдини.

Во периодот на доцната антика забележана е интензивна градежна активност во високите места - планини и ридови. Тоа биле обично карпести и утврдувања со мал број население, граничарници, набљудувачници и сл.