Веднаш по паѓањето под турска власт (1395 година) Велес подпаднал под управата на Румелискиот беглербеглак. До 60-тите години на XIV век областа го носела името велешки вилает, а потоа Велешка нахија како најниска управно територијална единица. На чело на вилаетот се наоѓал субашија кој живеел во Велес и заповедал со спахиите кои по правило живееле во селата. Паралелно со ова Велес станал центар на велешката каза или кадилак со што прераснал во многу значајна управно - судска единица.

Со навлегувањето на Турците, голем дел од месното население, особено влашко-сточарското, ја напуштило областа. На нивно место се доселило турско, пред се јуручко-сточарско население. На тој начин се добиле извесен број нови, чисто турски населби лоцирани од левата страна на р.Вардар. Кон ова се надоврзувало и постојаното исламизирање на дел од покореното население. Такви демографски промени се почуствувале и во градот кој почнал да добива белези на турската цивилизација.

Од тогашниот попис на населението (1445 година) сеуште има показатели дека велешкото Кале е населено. Затоа со сигурност не може да се определи дали градот се наоѓал на сегашното место во време на доаѓањето на Турците (1395 година) или нивното лоцирање на сегашната градска територија го провоцирало мигрирањето на старото население. Во пописот 20 години подоцна старата градска тврдина веќе не е населена. Просторот крај Калето не бил доволен за еден управно-административен центар каков што почнува да станува Велес во ова време. И тврдината и населбата го добиле името Ќупрулу (место со мост или мостово, подоцна град со мостови). Во средината на XVI век во неги живееле 214 христијански и 35 муслимански семејства. Социјалната и професионалната структура на населението била обратна од етничката. На горните општествени скалила било турското, а на дното македонската градска сиромаштија. Меѓу нив се наоѓал најбројниот слој на средно-имотни граѓани од двата етноса.


Според оваа смисла Велес бил еден од ретките македонски градови во кои во ова време христијанскиот елемент бил водечки во стопанскиот живот. Тие ја чинеле велешката чаршија па со тоа градот станувал привлечен и за православниот клер, па и црковно средиште на нахијата. Сепак сеуште главен извор на приходи им е земјоделието.

Турскиот патеписец Евлија Челебија го опишува Велес од ова време. Главен објект е мостот на Вардар кого го објаснува како нов, дрвен мост со четири отвори, а неговиот современик Хаџи-Калфа го опишува како камен мост. И двајцата се во право. Едниот зборува за мостот кај стариот Велес, а другиот за мост во новата локација на местото каде Вардар се преминувал со сплав.

Кај мостот имало ан и педесет дуќани, а градот имал повеќе џамии, основно училиште, судница и бања. Сето ова било изградено на левиот брег на реката. На десната страна Евлија Челебија го лоцира Градскиот пазар.

И додека градот до крајот на XVI век имал не помалку од 10.000 жители, неговата богато разгранета селска мрежа надминувала 21.000 жители.

Етничкиот состав на селското население е македонско, турско, исламинизирано, јуручко, албанско и српско. Социјалната структура на селското население била едноставна - феудално зависно население со основно занимање земјоделство и сточарство.

Строго централизираното државно уредување на Турското царство ја спречувало прекумерната експлоатација на рајата, но пишаните закони не можеле да ја спречат злоупотребата на позициите на феудалците и великодостојниците. Најупотребувана форма на експлоатација на населението е наметнувањето бројни даноци. Мал бил бројот на привелигираната раја која имала специјални задолженија како соколари (фаќање и одгледување соколи) оризари, коњари и т.н.

Сето ова предизвикувало незадоволство и отпор кај народот и тој, во почетокот на XVII век почнал да се организира во вооружени групи, со што се појавило ајдутството. Во велешката околина имало идеални услови за негов развој поради густите шуми и бројните патишта по кои ги вршеле нападите. Појавата на ајдутските дружини предизвикала додатни репресии врз народот, а тоа пак уште поголема причина за бунтови и востанија.



Анархичната состојба во земјата придонела и во XVIII век да продолжи мигрирањето на населението во велешко, поместување на селските населби, преселување во градот и иселување во подалечни земји.

Во почетокот занаетчии и трговци биле истите луѓе, работеле по порачка и сами ги продавале своите производи. Градските занаетчии и трговци биле организирани во еснафи со своја управа. Занимањата воглавно биле распоредени по верска и народна основа. Сарачи, опинчари, налбати, кожари (табаци) и бербери обично биле Турците. Житари, самарџии, кујунџии и ќуркчии, (кожувари) биле од редовите на Власите, а ковачи, џамбази и решетари биле Циганите. Работилниците и дуќаните биле сместени во централниот дел на градот, во чаршијата или пазарот, по чија местоположба денес тој дел од градот се вика Долни Дуќани. Сарачката или (турската) чаршија била лоцирана на просторот меѓу мостот на Вардар и мостот на Дервенскиот поток.

Изобилството на глина како суровина во Велес довело до забрзан развој на грнчарството а развиеното пчеларство пак до производство и преработка на восок. Реката Вардар овозможила жителите на Велес да го развијат мелничарството. Имено во XVI век на р.Вардар имало 34 воденици и 3 валавници. Велес во овој период се развил во мелнички центар за многу пошироко подрачје од она што го зафаќала неговата нахија. Еден дел од велешани ја користеле реката за риболов за што граделе специјални ловишта (далјани). Но реката се користела и како воден пат за трговците кои со кораби (гемии) од Скопје ја спуштале стоката (најчесто жито) во Велес. Производите од велешката чаршија биле барани се подалеку. За развојот на трговијата придонесувале и панѓурите што биле одржувани во Велес и во околните села.

Чекорел Велес забрзано кон својот стопански зенит, без оглед што службено се викал Ќупрули, без оглед на ајдутството, без оглед на зулумите. Вкрстените патишта му донеле културен развој, цивилизациски подем, урбанистичка слика на градот што ќе биде прв на Балканот во многу настани што го обележуваат следниот XIX век.