Општина Велес ги опфаќа подрачјата на поголемите водотеци Бабуна, Тополка и Отавица, кои заеднички припаѓаат на сливот на реката Вардар. Годишниот просечен проток на Бабуна изнесува 4,65 м3/с, на Тополка 2,41 м3/с и на Отовица од 1,31 м3/с. Останатиот непосреден слив во реката Вардар од левата страна изнесува 1,31 м3/с, а од десната страна 0,3 м3/с. Просечниот годишен проток на реката Вардар кај водомерната станица кај градот Велес изнесува 83,1 м3/с.

Општина Велес како семиаридно подрачје има проблеми при обезедување вода за населението, земјоделските стопанства и сточните фарми. Системите за водоснабдување користат води од главните водотеци, односно од реките Вардар, Бабуна и Тополка, од езерото "Младост", како и води од подземни изворишта и чешми. Со завршувањето на браната „Лисиче“ се надминува проблемот за водоснабдување на општината.

Геолошкиот состав, слабиот вегетациски покривен слој и неправилното користење на земјиштето предизвикале голем дел од општината да биде зафатен со ерозивни процеси. Вкупната годишна продукција на ерозивен нанос изнесува 688 000 м3. Ерозивните процеси предизвикуваат голема загуба на плодно земјиште, осиромашување на подлогата и појава на оголени, суви и ненаселени предели.

• Река „Бабуна“
  Реката Бабуна е прогласена за карактеристичен пејсаж од Советот на Општина Велес, но се соочува со узурпација на државно земјиште на нејзиното крајбрежје и диво изградени викенд куќи кои ја нарушуваат животната средина што претставува голем проблем во општината.
  Локалитетот „Пешти” кој се наоѓа на реката Бабуна е живеалиште на белоглавиот орел кој е ендемичен вид и го нема на ниедно друго место на планетата, но се соочува со закана од целосно истребување. Друг ендемичен вид во регионот на општина Велес е и црниот штрк.
• Езеро „Младост“
  Локалитетот се наоѓа покрај вештачката акумулација езеро “Младост”, северно од градот Велес, на земјиште кое е во сопственост на Република Македонија. Сообраќајниот пристап е преку асфалтиран локален пат од правец на Велес кој оди по брегот на езерото, минува низ браната и продолжува до автопатот Скопје-Велес. Во рамките на локалитетот постои асфалтиран пат кој го поврзува локалниот пат со комплексот на мотели.
  Локалитетот е поврзан со локалната 10kw мрежа, до него постои телефонска мрежа. Во хидрографски поглед локалитетот се наоѓа покрај акумулацијата “Младост” на реката Отавица. Урбаното планирање на езерото опфаќа: сателитска населба за домување, комерцијални содржини, угостителство и зона за спорт и рекреација.