Со нападот на балканските сојузници во 1912 година конечно е ставен крај на турското владеење во Македонија, а Велес се нашол под српска власт. Вештачки повлечените граници низ природната целина на Македонија ги нарушиле вековното единство на територијата. Тоа придонело до нагло опаѓање на занаетчиството, стопанството, трговијата и транспортот до солунското пристаниште. Употребата на македонскиот јазик и македонскиот фолклор биле забранети, а наставата во народните училишта парализирана.

Македонското иселеништво, особено во Русија, реагирало против поделбата на Македонија и српската асимилација на народот. Во својата активност предничела македонската петроградска колона во која дејствувале Димитрија Чуповски, неговиот брат Наце Димов и други прогресивни велешани. Од соработката на Чуповски, Павел Шатев и Петар Поп Арсов потекнала идејата за автономна Македонија.

По завршувањето II Балканска војна во 1913 година под уредништво на Димитрија Чуповски, македонската интелигенција во Русија, во весникот “Македноски глас” ја запознава светската јавност со историските, етнографските и географските граници на Македонија, но тоа не изменило ништо на новата балканска карта.

Со почетокот на I Светска војна, во 1914 година Велес и околината биле подложени на регрутација, мобилизација и реквизиција. По окупацијата на Бугарија, една година подоцна економската положба на населението уште повеќе се влошува. Со потпишувањето на примирјето во 1918 година вардарскиот дел на Македонија и припаднал на Србија.

Војната што се водела на територијата на велешко нанела многу штети на инфраструктурата, верските објекти и уметничките вредности. Населението било во социјален колабс. Најдоследните приврзаници за национално и социјално ослободување и обединување на Македонија ја продолжиле својата борба преку организацијата ВМРО.

Велешката околија, согласно Видовденскиот устав од 1921 година му припаѓа на скопскиот округ. Намалувањето на бројот на жители во текот на цели 20 години (до 1941 година) ја отсликува тешката економска состојба на македонскиот првенец. Миграционите движења, војните и епидемиите, мала индустриска развиеност, придонеле за опаѓање на бројот на жителите во градот. И селата не биле поштедени од промени. Ним им престоела аграрна реформа и колонизација.